A BASe Airlines-t‚ amely egyben alapító résztulajdonosa az Aeroexpress Regionalnak‚ 1991 decemberében alapították a Liszt Ferenc Nemzetközi Repülőtéren. A cég kezdetben a Légiforgalmi és Repülőtéri Igazgatóságtól (LRI) két LET L-410 UVP-E repülőgépet bérelte‚ amelyekkel charter és postai tevékenységeket folytattak. Az LRI-vel történő együttműködésben rövidesen megkezdődött a menetrendszerű járatok repülését is‚ amelynek során Aviaexpress név alatt repültek többek közt Grazba‚ Ungvárra és Horvátország több városába is. Az LRI‚ majd a Budapest Airport Zrt partnereként évekig üzemeltették a repülőtér-üzemeltető ún. kalibráló repülőgépét‚ mely tevékenységgel rövid idő alatt piacvezető pozíciót értek el a régió repülőtéri műszeres megközelítéseket ellenőrző feladatokban.

1994 és 2006 között a BASe az Országos Mentőszolgálat megbízásából üzemeltetette az OMSZ tizenegy helikopterét‚ megszervezve és biztosítva Magyarország helikopteres légi mentési feladatainak ellátását az ország hat repülőterén. Az első saját tulajdonú L–410 UVP–E repülőgépüket 1997-ben szerezte be a cég‚ amivel teherárut szállított a környező országok térségeibe.

A BASe Airlines 2005-ben szerezte be az első magyar Embraer 120 Brasilia gépet. 2008-ban megérkezett a második‚ majd a harmadik turbolégcsavaros utasszállító‚ melyekhez később egy Bell 206 helikopter csatlakozott. 2007-től a BASe Airlines menetrend szerinti járatokat teljesített a Malév számára 2 darab géppel‚ 1 darab géppel pedig charter utakat szolgáltak ki. A Malév 2012-es leállása óta számos ország regionális repülési feladatainak ellátásában vesz részt a cég‚ jellemzően közszolgáltatási szerződés keretében EU közbeszerzések alapján.